Anglicky: Crop Establishment Practices Are a Driver of the Plant Microbiota in Winter Oilseed Rape (Brassica napus)
Zdroj: Rathore, R., Dowling, D.N., Forristal, P.D., Spink, J., Cotter, P.D., Bulgarelli, D., Germaine, K.J. 2017. Crop Establishment Practices Are a Driver of the Plant Microbiota in Winter Oilseed Rape (Brassica napus). Frontiers in Microbiology 8, doi: 10.3389/fmicb.2017.01489
Klíčová slova: "zpracování půdy, řepka olejka, mikrobiota, sekvenování nové generace, 16s rrna gen"
Hlubší pochopení funkčních vztahů půdní mikrobioty s konkrétními kulturními plodinami představuje nový směr vědeckého výzkumu v oblasti zemědělství. Obecně je dobře známo, že způsob zpracování půdy přímo ovlivňuje rozvoj půdní mikrobiální populace změnou fyzikálních, chemických a biologických vlastností půdního prostředí. Vliv zpracování půdy na detailní složení půdní mikrobioty ve spojitosti s pěstováním konkrétních hospodářsky významných plodin však stále není dostatečně prozkoumán. V této studii je vliv způsobu zpracování půdy na půdní mikrobiologii hodnocen u dvou rozdílných systémů pěstování brukve řepky olejky: konvenční zpracování půdy orbou a půdoochranné pásové zpracování půdy (strip-till). Oživení mikroorganismy, jejich diverzita a početnost byly sledovány v mikrohabitatech kořenové zóny (půda zachycená po otřepání kořenového balu), kořenů a výhonů řepky, přičemž výsledky byly porovnány se vzorky půdy z meziřadí. Vzorky byly podrobeny profilování genové sekvence Ilumina 16S rRNA. Díky genovému sekvenování nové generace je možné identifikovat složení a funkční vztahy půdní mikrobioty ve vazbě na konkrétní hospodářsky významnou plodinou. V případě této studie byly mikrohabitaty kořenů a výhonů řepky dominantně osídleny bakteriemi kmenů Proteobacteria, Actinobacteria a Bacteriodetes. Právě mikrohabitaty na těle rostlin (kořeny a výhony) vykazovaly významné rozdíly ve složení mikrobiálního osídlení v závislosti na způsobu obdělávání půdy. Oproti tomu má způsob zpracování půdy pouze krátkodobý vliv na rozvoj a diverzitu půdních mikroorganismů v meziřadí a dokonce ani v kořenové zóně nebyl zaznamenán tzv. efekt rhizosféry (nápadné zvýšení mikrobiální aktivity a abundance). Tento vliv je patrný zejména na začátku vegetační sezóny, kdy se utváří budoucí struktura mikrobiálního oživení, později však již nejsou patrné významné rozdíly v míře oživení meziřadí a kořenové zóny mezi konvenčním a pásovým zpracováním půdy. Vyšší druhová diverzita, nikoliv početnost, mikrobioty však byla zaznamenána v meziřadí při pásovém zpracování půdy. Studie prokázala, že způsob zpracování půdy má významný vliv na diverzitu mikrobiálních populací v kořenech a výhonech řepky, a že tedy jde o důležitý mechanismus, který může mít vliv na vývoj a zdraví kulturních plodin.
