Anglicky: A chromosome‐scale draft sequence of the Canada fleabane genome
Zdroj: Laforest, M., Martin S. L., Bisaillon, K., Meloche, S., Page, E. 2020. A chromosome‐scale draft sequence of the Canada fleabane genome. Pest Management Science 76 (6): 2158 – 2169.
Klíčová slova: "conyza canadensis; plevele; dna studie"
Dostupný z: https://doi.org/10.1002/ps.5753
Vzhledem ke stále větší dostupnosti nových technologií se zejména genomika stává běžnou součástí celé řady oblastí výzkumu, včetně studia zemědělských organizmů. Začíná být využívána i v oblasti herbologie, tedy vědě o plevelných rostlinách. V posledních letech byly zpřístupněny genomové sekvence v souvislosti s několika řešenými výzkumnými projekty, které podporuje „Mezinárodní konsorcium genomů plevelů“. Sekvence chromozomového měřítka jsou nezbytné pro poznání jednotlivých plevelných druhů.
Výzkum byl zaměřen na významný plevelný druh turanku kanadskou Conyza canadensis. Ve výzkumu byla použita sekvenční technologie třetí generace k vytvoření genomové sestavy 426 megabází, z nichž devět chromosomových vazem pokrývá více než 98% celé sestavené sekvence. Tento plevelných druh byl na světě identifikován jako první s rezistencí vůči glyfosátu. Podařilo se definovat a označit genomovou sekvencí genů, o nichž je známo, že jsou spojeny s rezistencí vůči herbicidům. Významným zjištěním je, že byl identifikován vysoký počet transportérů ABC, cytochromu P450 a glykosyltransferáz (159, 352 a 181).
Vzhledem k tomu, že C. canadensis má malý genom, který je synchronní s jinými rostlinami z čeledi Asteraceaes, má krátký životní cyklus a je relativně snadno křížitelný, má potenciál stát se modelovým druhem plevelu. Pomocí genomové sekvence v chromozomovém měřítku může přispět k výzkumu v této oblasti.
