Anglicky: Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for rapid detection of Pyrenopeziza brassicae (light leaf spot of brassicas)
Zdroj: King, K. M., Krivova, V., Canning, G. G. M., Hawkins, N. J., Kaczmarek, A. M., Perryman S. A. M., Dyer, P. S., Fraaije, B. A., West. J. S. 2018. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assays for rapid detection of Pyrenopeziza brassicae (light leaf spot of brassicas) Plant Pathology 67, 167–174
Klíčová slova: "patogeny plodin, ochrana rostlin, epidemiologie, listové skvrnitosti řepky, izotermická amplifikace zprostředkovaná smyčkou"
Dostupný z: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/ppa.12717
Pyrenopeziza brassicae (anamorfní stádium Cylindrosporium concentricum) je vřeckovýtrusná houba, která způsobuje listovou skvrnitost řepky (dříve cylindrosporióza řepky nebo také světlá listová skvrnitost řepky). V současnosti se stala snad nejdůležitějším patogenem ozimé řepky (Brassica napus) ve Velké Británii. Patogen se šíří jak nepohlavními konidiemi rozstřikem kapek při dešti, tak i vzduchem pohlavně vzniklými askosporami. Takové inokulum může být detekováno již existujícími kvalitativními a kvantitativními PCR diagnostikami, které ale vyžadují časově náročné laboratorní zpracování. Tato studie popisuje dva testy tzv. izotermické amplifikace zprostředkované smyčkou (LAMP), zaměřené na sekvence mezerníků rDNA (ITS) nebo DNA β-tubulinu, pro rychlou a specifickou detekci izolátů P. brassicae ze široké geografické oblasti (Evropě a Oceánii) a několika hostitelských druhů rodu Brassica (B. napus, B. oleracea a B. rapa). Žádný z testů nevykazoval falešně pozitivní výsledky u příbuzných druhů rodu Oculimacula nebo Rhynchosporium nebo jiných běžně se vyskytujících houbových patogenů řepky olejky. Oba testy LAMP v průběhu 30 minut spolehlivě detekovaly množství DNA odpovídající 100 konidiím P. brassicae na vzorek, přičemž test na β-tubulin byl rychlejší. Reprodukovatelné výsledky byly získány při testování ředící řady DNA P. brassicae (100 ng až 10 pg), což umožňuje kvantitativní odhad množství DNA patogenů v polních vzorcích. Zde popsané testy identifikace P. brassicae metodou LAMP mohou mít několik aplikací, včetně detekce přítomnosti patogenu ve tkáních hostitele ještě v období před propuknutím viditelných příznaků a automatizovaného monitorování inokula ve vzduchu v reálném čase.
