Anglicky: Assessment of latent infection with Verticillium longisporum in field-grown oilseed rape by qPCR
Zdroj: Knüfer, J., Teshome Lopisso, D., Koopmann, B., Karlovsky, P., von Tiedemann, A. 2017. Assessment of latent infection with Verticillium longisporum in field-grown oilseed rape by qPCR. Eur J Plant Pathol (2017) 147:819– 831
Klíčová slova: "řepka olejka, verticillium longisporum, odolnost odrůd, kvantitativní real time pcr"
Dostupný z: https://link.springer.com/article/10.1007/s10658-016-1045-0
Zvýšení odolnosti odrůd je klíčovou strategií v ochraně řepky olejky proti houbovému patogenu Verticillium longisporum. Zvláštním rysem tohoto patogenu je jeho systémová, nepravidelná kolonizace rostlinného xylemu s prodlouženou dobou latence bez jakýchkoliv viditelných symptomů na napadené rostlině. Výsledkem je, že vizuální diagnostika či posouzení intenzity infekce v polních podmínkách je nadmíru obtížné, jelikož příznaky se objevují až v pozdních růstových fázích řepky, kdy mohou být snadno zaměňovány za projevy přirozeného stárnutí. Posouzení závažnosti onemocnění řepky patogenem Verticillium longisporum vizuálním hodnocením mikrosklerocií na stoncích neodpovídá odrůdové odolnosti, jelikož výskyt a četnost mikrosklerocií je silně ovlivněn úrovní zralosti rostliny. K překonání těchto omezení jsme vyvinuli metodu založenou na qPCR, která jednoznačně odliší úrovně kvantitativní rezistence k V. longisporum u odrůd řepky v polních podmínkách. Byla testována specificita a senzitivita dvou párů primerů zaměřených na ITS a tubulin v genomu V. longisporum. Tubulinové primery vykazovaly vysokou specificitu u izolátů V. longisporum. ITS primery vykazovaly významně vyšší citlivost při detekci houbové DNA ve tkáni stonků řepky z polních podmínek v tzv. před-symptomatické fázi (limit kvantifikace = 0,56 fg DNA). Nejlepší odlišení rezistentních a citlivých odrůd řepky založené na analýze DNA patogenu ve tkáni stonků bylo dosaženo v růstové fázi 80 (šešule dosáhly odrůdové velikosti). V této fázi dochází u houby k přechodu od růstu ve vodivých pletivech v živých bezpříznakových rostlinách k saprotrofní kolonizaci stárnoucích tkání stonků. Data získaná pomocí qPCR v růstové fázi 80 u řepky potvrzují výsledky skleníkových experimentů a potvrzují tak relevanci a spolehlivost testů pro stanovení odrůdových rozdílů v odolnosti k V. longisporum. Metoda poslouží jako užitečný nástroj pro šlechtitele při první selekci elitních genotypů řepky s vyšší odolností vůči V. longisporum.
